Last Order begin wanneer Desty Nova se nanotegnologie Alita in die drywende stad Tiphares herleef. Die swart geheime van die stad word wreedaardig blootgelê, maar dit lyk asof dit 'n klein deel van 'n ingewikkelde wêreld is. Alita gaan die ruimte saam met ou en nuwe maatskappye in om meer te wete te kom oor haar vergete verlede en om haar verlore vriend Lou Collins te soek, en is vasgevang in 'n interplanetêre stryd tussen die hoofmagte van die sonnestelsel wat gekoloniseer is. Onderweg sluit sy 'n bondgenootskap met drie van die Alita-replika's wat nou self begin glo het, 'n onsmaaklike superhacker, en Nova self toe sy die Zenith of Things-toernooi (ZOTT) betree, 'n gevegskompetisie wat elke 10 jaar gehou word. Met inbegrip van die manier waarop die aarde verskyn het uit 'n kataklismiese impakwinter wat die meerderheid van die publiek dwarsdeur die verhaal uitgewis het, word meer geskiedenis oor die toonsetting van Battle Angel Alita wat nie in die vorige snaar bekendgemaak is nie, getoon.
