Gebaseer op 'n gewilde otome-spel, volg Hakuouki Chizuru en die Shinsengumi in 'n alternatiewe werklikheid. Chizuru reis na Kyoto op soek na haar vermiste vader, maar nadat sy in 'n voorval betrokke was, is hulle deur die Shinsengumi opgeneem waar sy die lede ontmoet, waaronder die beroemde Hijikata Toshizo en Okita Soshi. Chizuru se pa het regeringsnavorsing gedoen om die Shinsengumi te versterk en die ochimizu ontwikkel. Die ochimizu is 'n formule wat demoonagtige krag en wedergeboorte-effekte gee, maar sodra dit geneem is, ervaar die gebruiker uiterste pyn en word uiteindelik 'n bloedhonger monster.
In 'n poging om Chizuru te verdedig, neem Hijikata die ochimizu aan en hoewel die situasie gered is, word hy nou deur die siekte geraak. Okita word ook gedwing om die formule te neem wanneer sy tuberkulose hom verhinder om Chizuru en homself te verdedig. As sy verantwoordelik is vir hul optrede, moet Chizuru haar gevoel van hulpeloosheid beveg en die moed vind om die Shinsengumi te ondersteun.
