In 1990 (voorheen 1986, maar Kurumada het datums geskuif), in Elysion; die vyf bronsheiliges Seiya, Hyōga, Shun, Shiryū en Ikki, nadat hulle verwoesting gesaai het in die leër van die Onderwêreld en daarin geslaag het om die Godsdoeke weer op te wek, betrek die god Hades in 'n finale tweestryd tot die dood. Tydens die geveg onthou Hades dat hy Seiya se gesig al voorheen gesien het en tot die slotsom kom dat hy voor hom gekonfronteer het. Hy begin dus aan sy vorige gasheerliggaam herinner, en die verhaal begin 247 jaar tevore, in die 18de eeu. Die protagonis, die Pegasus Saint van hierdie era, is 'n wees wat die beste vriende is met 'n seun genaamd Alleen, die gasheer van Hades. Voormalige bronsheiliges Dohko en Sion, twee prominente karakters in die oorspronklike manga van Kurumada as die enigste oorlewendes van die heilige oorlog van daardie eeu, is pas bevorder tot Gold Saints en uiteindelik ontmoet die twee duos mekaar.
