Kanon se verhaal, wat in die middel van die winter afspeel, handel oor 'n groep van vyf meisies wat met dieselfde seun verbind is. Yuichi Aizawa, die hoofpersoon, het die stad besoek waar die verhaal afspeel sewe jaar voor die begin van die verhaal.
In die begin is Yuichi baie los van die stad en sy inwoners. Voor sy terugkeer word besluit dat hy by sy neef, Nayuki Minase, en haar ma, Akiko, gaan bly. Na sy lang afwesigheid, het Yuichi byna alles vergeet behalwe geringe besonderhede van wat sewe jaar tevore gebeur het en moet hy herinner word aan wat hy agtergelaat het.
Op die dag na Yuichi se terugkeer is hy saam met Nayuki wat hom in die stad wys. Nayuki onthou dat sy dinge vir aandete moet koop, en Yuichi is huiwerig om saam met haar te gaan en argumenteer dat hy dalk verdwaal. Oomblikke nadat Nayuki hom op die sypaadjie laat wag het, val 'n vreemde meisie met die naam Ayu Tsukimiya hom met min waarskuwing in. Nadat sy herstel het, sleep sy hom na 'n nabygeleë kafee en bieg dat hy per ongeluk 'n sak gevul met taiyaki gesteel het nadat sy per ongeluk deur die verkoopsman weggeskrik is voordat sy die kans kon betaal. Yuichi sleep Ayu dan terug na die verkoopsman, hulle vra albei verskoning vir die probleme, en Ayu word vergewe. Hulle besluit om weer 'n dag weer bymekaar te kom en Ayu skop weg.
Yuichi is aanvanklik nie bewus daarvan nie, maar drie ander meisies wat hy vergeet het, ken hom. Terwyl hy deur die verhaal leer van die bonatuurlike ondertone van die stad, word Yuichi herinner aan elke meisie en die gebeure van sewe jaar gelede in die stad bedek met sneeu.
