In Tokio wat in die jaar 2020 as Shinto Teito erken is, is die 19-jarige Minato Sahashi baie intelligent, maar die toelatingstoets van die kollege het twee keer deur sy onvermoë om onder druk te kom druip.
Minato ontmoet 'n meisie met die naam Musubi, wat eendag in die hemel val. Minato verneem gou dat sy 'n 'Sekirei' is wat hom as haar 'Ashikabi' gekies het, onder die kriptiese groep individue wat die oorerflike eienskap besit wat 'n ooreenkoms kan skep - deur te soen - met die Sekirei. Dit stel hulle in staat om hul totale mag te gebruik in konflik met ander Sekirei en verwyder die Sekirei aan hom. Die Sekirei-stryd bestaan uit 108 pragtige meisies, luukse vroue en bishenen in 'n wedstryd genaamd die "Sekirei-plan" wat gevorm is deur Hiroto Minaka, die voorsitter en stigter van die geheimsinnige en kragtige MBI Corporation.
Minato verneem gou dat die gade van 'n vrou nie alle plesier en speletjies is nie, veral nie as hy deur 'n paar ander Sekirei gekies word wat elk 'n ooreenkoms met hom aangaan as hul Ashikabi nie. Nou moet Minato 'n metode ontdek om die lewensgevaarlike konflik van die Sekirei-plan en sy mededingers se intense kompetisie vir hom te oorleef.
Sekirei is super-aangedrewe wesens wat 'n ander kode gebruik soos 'n persoon s'n. Die Sekirei-ruimteskip het in 1999 op die Kamikura-eiland op die aarde neergestort en is ontdek deur twee leerlinge, Hiroto Minaka (potensiële MBI-voorsitter) en Takami Sahashi (potensiële MBI-hoofnavorser en Minato se ma). Aan boord het die paar 108 lewensvorme ontdek, verduidelik as 'Een pilaar en 107 babavoëls'.
