Na aanleiding van die Tuatha de Danaan-seevaartvoorval is dinge weer normaal by die Jindai High School in Tokio, of so normaal soos wat Sousuke wag vir Kaname. Nadat hulle uitgevind het wie Mithril verraai en die seevaartvoorval veroorsaak het, word Kurz en Mao op 'n topgeheime sending gestuur om die verraaier vas te trek en terug te bring.
Sousuke en Kaname se lewens is egter op die punt om te verander wanneer hulle Leonard Testarossa ontmoet, 'n hoë lid van 'n geheimsinnige groep met die naam Amalgam. Na hul ontmoeting waarsku Leonard haar dat hy enigiets sal doen om haar te werf, selfs al beteken dit oorlog in die strate van Tokio.
